Hola buenas,Cesar.
La verdad que este tema de la morosidad aparte de no cobrar,trae el perjuicio de tener que pagar el iva de la factura que le emites a ese cliente.
En fin,tienes dos soluciones que se me ocurren:
1)Si crees que la vas a poder cobrar,entonces para no tener que pagar el iva de esa factura tienes que reclamar judicialmente y esperar dos años para poder restarlo legalmente(art 80 de ley de iva).
2)Si es muy dudoso que la cobres,yo optaría como dices tu por hacer una factura de abono como si el servicio no se hubiera prestado.No es la realidad pero es lo que más se ajusta a la misma para no ingresar el iva y hacienda es muy raro que te vaya a reclamar.
Un saludo.Oscar